Resumo. O ensino de microbiologia no Ensino Médio brasileiro frequentemente é abordado de forma teórica e descontextualizada, não promovendo nos estudantes uma compreensão crítica sobre a relevância dos microrganismos no cotidiano. Este estudo investigou o impacto da implementação de práticas experimentais de baixo custo para melhorar o aprendizado e o interesse dos alunos por microbiologia. Atividades práticas foram conduzidas em escolas de Fortaleza e Maranguape (CE), abordando técnicas como coleta de amostras microbiológicas, avaliação de crescimento, microscopia e fermentação. A metodologia envolveu a aplicação dessas atividades práticas e a coleta de dados por meio de questionários, analisados qualitativa e quantitativamente. Os resultados mostraram que 95% dos alunos de Fortaleza e 86,67% de Maranguape recomendaram as práticas para outros estudantes, e 83,33% dos alunos de Maranguape e 80% de Fortaleza relataram um aumento significativo no interesse pela microbiologia. Constatou-se também que os alunos desenvolveram uma melhor compreensão dos conceitos teóricos e habilidades práticas, além de uma aprendizagem mais significativa e contextualizada. As práticas experimentais de microbiologia são uma estratégia para o ensino de ciências no Ensino Médio, especialmente em contextos com recursos limitados.